De laatste tien jaar van zijn leven wijdde Goeyvaerts zich vol geestdrift aan zijn magnum opus Aquarius (1992). Deze grootschalige opera draait volledig rond het ‘tijdperk van de Waterman’, een nieuwe astrologische periode waarin de maatschappij een ongezien evenwicht bereikt en elk individu precies die rol vervult waarvoor hij of zij in de wieg gelegd is. Het libretto, samengesteld door Goeyvaerts zelf, staat mijlenver af van een klassiek verhaal. Er zijn geen personages en grote delen van de tekst hebben geen semantische betekenis. Het geheel laat zich misschien nog best omschrijven als een initiatieritueel in een nieuwe maatschappij.

Zowat elk werk dat Goeyvaerts sinds 1983 schreef, kaderde op één of andere manier in het grotere Aquarius-project. De Munt, deSingel en Antwerpen ’93 zouden gezamenlijk de compositieopdracht uitschrijven voor de volledige opera. Uiteindelijk kon de opera slechts concertant uitgevoerd worden in december 1993, tien maanden na het overlijden van Goeyvaerts. Pas in 2009 werd Aquarius als scenische opera gerealiseerd, in een productie van het Holland Festival en de Vlaamse Opera, met op de bühne het Nederlands Kamerkoor, in een regie van Pierre Audi.

In 1992 was Karel Goeyvaerts nog benoemd tot eerste titularis van de leerstoel nieuwe muziek van de KU Leuven. Wekelijks zakte hij af naar Leuven om de studenten musicologie les te geven. Ook een compositieopdracht maakte deel uit van die leerstoel. Alba per Alban voor kamerorkest bleef bij zijn abrupt overlijden op 3 februari 1993 onvoltooid. Zoals steeds had Goeyvaerts het werk volledig af in zijn hoofd vooraleer hij een noot op papier zette. Klad- en netversie tellen immers exact 52 maten: een bewijs dat een kladversie voor hem enkel diende om de lay-out van een partituur te bepalen.